В центре повествования супергеройского сериала Легион оказывается мужчина по имени Дэвид Хэллер, которому был поставлен диагноз параноидальная шизофрения в детстве, после чего он был помещен в психиатрическую больницу. Там он влюбился в Сидни Барретт и вскоре обнаружил, что они - мутанты. Дэвид понимает, что голоса и монстры, которые он слышит и видит, могут быть реальными. Когда к ним приходит секретная правительственная организация, Дэвид и Сидни должны сбежать и добраться до доктора Мелани Берд и команды мутантов Птономи, Кэри и Кэрри. Во втором сезоне, после того, как Дэвид удаляет паразита Амаль Фарук, или Короля Теней, из своей головы, он и его друзья присоединяются к Подразделению 3 и отправляются на охоту на некоего злодея. Друзья Дэвида начинают задаваться вопросом, кто представляет большую опасность для мира - Фарук или сам главный герой? В третьем сезоне Подразделение 3, Сидни и Фарук хотят убить Дэвида, потому что они верят, что Хэллер несет большую угрозу и может уничтожить мир. Дэвид, он же Легион, ищет помощи у путешественника во времени, чтобы остановить Фарук в прошлом. Для этого он должен будет объединиться со своим отцом - Чарльзом Ксавьером, или Профессором Икс.
